El cementerio fue clausurado el 31 de diciembre de 1986 fecha en la que el Alcalde dictó un Decreto por el que disponía:"Que a partir de las 0 horas del día 3 de enero de 1987, y, salvo aquellos cadáveres que en ese momento se hallaren en los velatorios de los citados dos cementerios (San Miguel y San Rafael), no se produzca ningún enterramiento, ni se reciban cadáveres ni restos cadavéricos o anatómicos en las necrópolis mencionadas."

El Ayuntamiento de Málaga acordó, en la sesión plenaria de 27 de Febrero de 1987, la clausura de los Cementerios de San Miguel y San Rafael. El 13 de julio de 1987 la Consejería de Gobernación de la Junta de Andalucía, dictó Resolución relativa a la clausura de los cementerios municipales de San Miguel y San Rafael: "Resuelvo la aprobación definitiva de la clausura de los Cementerios Municipales de San Miguel y San Rafael y la recogida y traslados de restos cadavéricos siempre y cuando se cumplan todos y cada uno de los requisitos que el Decreto 2263/74, de 20 de julio, que aprueba el Reglamento de Policía Sanitaria Mortuoria, establece para las exhumaciones y trasladas, ya sean de cadáveres o de restos, a cuyos efectos se formularán, por quien proceda, las peticiones escritas e individualizadas ante la propia Delegación Provincial de la Consejería de Salud."

Los titulares de propiedades en el Cementerio de San Miguel plantearon recursos contra esa Resolución y después de reclamar ante los Tribunales, la Sección 4ª de la Sala de lo Contencioso Administrativo del Tribunal Supremo dictó Sentencia el 28 de noviembre de 1992, por la que se reconocían algunos derechos de propietarios.

Se presentaron diversas mociones y finalmente, el Excmo. Ayuntamiento Pleno aprobó moción de fecha 31 de enero de 2003 en la que, entre otras cuestiones, aprobaba el texto del convenio aqui recogido, para que fuera suscrito por los propietarios interesados que estuvieran amparados por los correspondientes títulos de propiedad, por el que se sustituían sus derechos funerarios por el uso del panteón o nicho como columbario con la obligación de mantener y conservar los mismos en buen estado.

El Ayuntamiento de Málaga se comprometía a mantener abierto el recinto y prestar los servicios de conservación, mantenimiento y vigilancia del Cementerio histórico de San Miguel de cuya gestión se encarga la empresa Parcemasa. Por la prestación de esos servicios los propietarios están obligados a abonar los ingresos de derecho público que legalmente correspondan.