El Cementerio histórico de San Miguel ha trasformado su uso utilizándose actualmente como columbario.(ver ordenanzas municipales). El Ayuntamiento de Málaga se comprome a mantener abierto el recinto y prestar los servicios de mantenimiento y vigilancia del recinto de cuya gestión se encarga la empresa PARCEMA,S.A. Por la prestación de esos servicios los propietarios están obligados a abonar los ingresos de derecho público que legalmente correspondan. (Precio público correspondiente a los servicios funerarios - ver web malaga.eu)

En el año 2000 el Ayuntamiento aprobó un proyecto para realizar un parque contiguo al Cementerio, el Parque de San Miguel, que se ha construido sobre el espacio que antes ocupaban el patio civil y los patios 2º y 4º del camposanto. También se aprobó un proyecto de rehabilitación de la parte correspondiente a los patios 1º y 3º, parte monumental e histórica, que también incluye la capilla y anexos así como los edificios de servicio situados en la entrada.

Al ser un reconocido monumento de la ciuda, está incluido en la "Relación de Bienes Inmuebles Municipales", con el código 66228, cuyo centro gestor es la Gerencia Municipal de Urbanismo, como Administrador fiduciario. También está incluido en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz.  

En la sesión del Pleno celebrado el día 31 de enero de 2003 el Excmo. Ayuntamiento aprobó el texto del convenio de adhesión a suscribir por los titulares de unidades de enterramientos en el citado Cementerio para su uso como columbario.

En el año 2012 el Ayuntamiento inició la recuperación de todos los edificios administrativos y de servicio de la entrada así como la restauración de la capilla, sala de duelos, sacristía, jardines, patios y calles empedradas, etc. finalizando estos trabajos en el 2015.